De maneira geral, não há nenhuma legislação que proíba que um trabalhador registrado como CLT possua um CNPJ em seu nome. Contudo, o contrato de trabalho com cada empresa pode ser diferente e, nesses casos, é preciso certificar as condições específicas de cada relação de trabalho.
É comum que o contrato de trabalho CLT possua uma cláusula que impede o contratado de abrir um negócio que concorra diretamente com a empresa na qual trabalha como CLT. Nesta condição, abrir a própria empresa será considerado ilegal. Esse tipo de cláusula costuma ser mais comum em algumas empresas, por causa, principalmente, de segredos comerciais e/ou industriais.
Caso o empreendedor tenha ou pretenda ter um CNPJ para fins similares aos da empresa que será registrado como CLT, é recomendável, ler seu contrato de trabalho e se certificar de que ele permite a abertura da sua própria empresa. Neste caso, também é importante consultar um contador para entender as implicações legais da sobreposição de atividades CLT e CNPJ.
Agora, vale se atentar para exercer a dupla atuação quanto ao horário das suas atividades no outro negócio, para que eles não coincidam com o do seu trabalho. Esta situação exige planejamento e respeito ao acordado com o empregador CLT.
Outro ponto importante é que ao assumir a dupla função – CLT e PJ – ao ser desligado pelo empregador, o contratado não terá direito ao Seguro Desemprego, já que possui outra fonte de renda ativa ou não.